專區所在地海關應於每年十月底前公告次年度得受理申請設立或擴增貨物通關線之港區、線數、申請條件及申請期間。
申請設立專區之業者，其資本淨額應在新臺幣五千萬元以上，不足新臺幣五千萬元者，應提供擔保。
符合前二項規定者，應備具下列文件向專區所在地海關申請設立專區：
一、申請書：應載明營利事業之名稱、統一編號、地址、電話號碼、負責人姓名、身分證統一編號、電話號碼及其住址；負責人無身分證統一編號者，應註明護照號碼或居留證統一證號。
二、專區所在地商港經營事業機構、交通部航港局或行政院指定機關確認專區土地及建築物使用權之證明文件。
三、封閉型場所平面圖：明確標示專區圍牆等實體隔離設施及警衛哨所之位置。
四、營運規劃書：包括專區地點、擴充能力、建築構造、預估貨物量、經營計畫及團隊、船舶靠泊碼頭、營運財務規劃、營運設施建置時程規劃及其他營運規劃相關文件。
五、通關設備建置書：包括Ｘ光檢查儀、適合緝毒犬作業之輸送帶、進出倉刷碼設備、進倉異常訊息警示系統、監視器錄影系統、X光影像與貨名同步顯示系統及其他通關設備。
六、緝毒犬設施設計圖：包括緝毒犬候勤室、待勤室及其他相關設施。
七、檢疫犬設施設計圖：包括檢疫犬備勤室、綜合作業室及其他相關設施。
八、電腦連線及設備規劃書：包括符合海關管理作業需求之資訊系統、電腦備援措施及其他相關軟硬體設備。
九、其他應配合海關查驗及辦理通關需要之設備規劃書。
專區業者變更其原有專區規劃、設施或設備，亦應依前項規定就變更事項備具相關文件事前提出申請。
專區所在地海關辦理第一項公告及前二項專區設立或變更之申請，應成立審查小組進行審查，必要時得邀請其他機關參與審查；前二項審查作業應於審查文件齊備之翌日起六十日內完成，有特殊原因者，得予延長，其延長不得超過三十日。
專區所在地海關得依前項審查小組審查結果，核准、部分核准或否准業者之申請。