營利事業依前條規定取得審定函及適用範圍證明函，並選定適用本法第二十四條之四規定者，應於辦理每年度營利事業所得稅結算申報時，檢附下列文件，向所在地稅捐稽徵機關辦理申報：
一、營利事業及其子公司營運船舶明細表。
二、經營利事業所得稅查核簽證申報會計師複核之海運業務及非海運業務收入、成本、費用、損失明細表及相關證明文件。
稅捐稽徵機關收到結算申報書進行調查時，依下列規定辦理：
一、營利事業已依前項規定提示文據者，稅捐稽徵機關應依本辦法規定核定其海運業務之營利事業所得額。稅捐稽徵機關查核發現營利事業有不符合第二條第一項規定要件者，應檢具相關事證移請交通部確認後撤銷或廢止審定函；其經稅捐稽徵機關查核發現營利事業依本法第二十四條之四及本辦法規定計算營利事業所得額之船舶與適用範圍證明函內容不符者，應檢具相關事證洽交通部確認適用船舶範圍後核定之。
二、營利事業未依前項規定提示文據，稅捐稽徵機關得依查得之資料，依本辦法規定核定其海運業務之營利事業所得額。其無查得資料且營利事業未提示證明所得額之帳簿、文據者，稅捐稽徵機關得依本法第八十三條及其施行細則第八十一條規定，就該部分營業收入淨額，依同業利潤標準核定其營利事業所得額。
營利事業未依前條第三項規定期限向交通部申請適用範圍證明函，除有下列情形之一應依本法第二十四條之四第二項規定計算營利事業所得額者外，其當年度海運業務收入不得適用本法第二十四條之四規定：
一、依本法第二十四條之四以外之規定計算當年度營利事業所得額為負數。
二、依前款規定計算之營利事業所得額為正數，其應納稅額減除依其他法律規定之投資抵減稅額後之餘額，小於海運業務收入依第三條至第五條規定計算之營利事業所得額與海運業務以外之收入依本法規定計算之營利事業所得額之合計數按本法第五條第五項規定稅率計算之應納稅額。
第一項第二款所定海運業務及非海運業務收入、成本、費用及損失明細表之格式，由財政部定之。