綜所稅課掌理事項如下：
一、綜合所得稅（含外僑所得稅）申報案件之收件、審查、核定、開徵、發單、取證與外轄申報書之收件及轉進轉出通報。
二、直撥退稅通知書及退稅憑單之寄發。
三、證券交易稅、期貨交易稅之開徵。
四、綜合所得稅簡易違章案件之審理及裁罰。
五、綜合所得稅違章檢舉案件之查緝。
六、扣繳與非扣繳業務之調查核定及違章檢舉案件查緝。
七、執行業務與其他所得之調查核定及違章檢舉案件查緝。
八、綜合所得稅災害損失報備案件之調查、處理。
九、綜合所得稅（含扣繳、非扣繳資料、執行業務所得與其他所得）課稅資料之蒐集、整理及保管。
十、其他有關綜合所得稅事項。