事業及污水下水道系統水污染防治費之徵收項目如下：
一、化學需氧量。
二、懸浮固體。
三、鉛、鎳、銅、總汞、鎘、總鉻、砷、氰化物等項目。
四、燃煤電力設施海水排煙脫硫廢水之硫氧化物。
事業及污水下水道系統所排放之廢（污）水，不含前項第三款徵收項目者，得檢具製程及廢（污）水處理程序中，不使用且不產出該等項目之證明文件，或排放廢（污）水含該等項目小於放流水標準最大限值百分之十之水質檢測報告，經直轄市、縣（市）主管機關認定後，向中央主管機關申請免繳納該項目當期之水污染防治費，並自下一期起得免再申報該項目。
水污染防治許可證（文件）未登載第一項第三款徵收項目者，得免檢具前項規定文件，免申報繳納該項目之水污染防治費。
水污染防治許可證（文件）僅登載三價鉻或六價鉻者，應申報繳納總鉻徵收項目之水污染防治費。