本基金設國軍老舊眷村改建基金管理會（以下簡稱本會），置委員十三人，其中一人為召集人，由本部副部長兼任；一人為副召集人，由本部常務次長兼任；其餘委員由本部政治作戰局局長、戰略規劃司司長、法律事務司司長、主計局局長、軍備局局長，及內政部、財政部、法務部、行政院外交國防法務處、行政院主計總處、國家發展委員會等機關（單位）代表組成。

本會依會務需要召開會議，由召集人主持，並得邀請直轄市、縣（市）政府、專家學者代表列席，召集人不能出席時，由副召集人為主席。