依本條例第八條第一項第四款合併所屬數個機關設置主計機構者，以隸屬相同之一級主計機構且業務屬性或地域性相近者為原則，並依下列規定辦理：
一、合併設置主計機構，以二個機關（構）或二個學校合併設置一個主計機構為原則；情形特殊者，一個機關（構）與一個學校得合併設置一個主計機構，至多以三個機關（構）、學校為限。
二、屬偏遠、山地、離島地區之學校，有難以遴補主辦人員之特殊情形者，得以二校至三校（不限定班級數）與目前已設置專任主計人員之較大規模學校，合併增置佐理人員一人。
三、不同層級機關（構）或學校間合併設置主計機構者，以相近層級機關（如二級機關合併三級機關設置）或學校（如國民中學與國民小學）為限，並應設於合併設置之最高層級機關（構）或較大規模學校；機關（構）與學校合併設置者，主計機構應設於該機關（構），並應於編制表內詳予敘明。
已合併設置主計機構者，如確有實際需要變更設置，其人員移撥安置事宜，應由一級主計機構妥為規劃處理後，專案報行政院主計總處審議。