綜合規劃組掌理事項如下：
一、施政計畫與方案之彙辦、管制、考核及評估。
二、化學物質管理政策綱領、行動方案之研擬、推動、執行及督導。
三、化學物質與環境用藥管理國際合作之規劃、推動、協調及執行。
四、化學物質與環境用藥相關國家標準之推動、協調及執行。
五、化學物質與環境用藥跨部會邊境管理之規劃、推動、協調及執行。
六、化學物質國際公約之規劃、推動、執行及考核。
七、法制、訴願與國家賠償事件之審議及處理。
八、本署資訊應用服務、應用環境與資通安全之規劃、推動及管理。
九、化學物質管理基金收支、保管與運用之規劃、審議、執行及督導。
十、其他有關綜合規劃事項。