收費時數以同一日屠宰場登記證書所載同一屠宰線為計算基準，並應依下列規定認定之：
一、實際檢查時數較申請預定屠宰作業時間長者，其實際檢查時數超過規定時數之部分為收費時數。
二、實際檢查時數較申請預定屠宰作業時間短者，且未依屠宰衛生檢查規則第三條之二第二項規定事前報請中央主管機關同意變更者，其申請預定屠宰作業時間超過規定時數之部分為收費時數。
三、申請數個屠宰衛生檢查時段者，其各時段申請預定屠宰作業時間加總後，超過規定時數之部分為收費時數。但各時段之實際檢查時數超過申請預定屠宰作業時間者，應將實際檢查時數與申請預定屠宰作業時間之差額併予列計加總後，超過規定時數之部分為收費時數。
四、休息時間以分鐘為計算單位，於各屠宰衛生檢查時段八分之一範圍內，不算入收費時數。
家畜屠宰場申請緊急屠宰衛生檢查者，依申請預定屠宰作業時間為收費時數，不適用前項規定。