利用或添加事業廢棄物為原料製成之肥料，申請肥料登記證時，申請人除檢具第二條及第三條規定文件外，應另檢具下列文件各一份：
一、中央目的事業主管機關核發之事業廢棄物再利用許可文件影本。但屬中央目的事業主管機關公告之事業廢棄物再利用種類及管理方式者，免附。
二、環保主管機關指定之機關（構）出具之事業廢棄物成分檢驗報告。
三、標準檢驗主管機關或經本會指定之檢驗單位出具之有害成分試驗報告。
四、本會農業試驗所或本會指定機關（構）出具之作物毒害試驗報告。
五、事業廢棄物種類、名稱及其來源清單。
前項肥料應標示事業廢棄物名稱及其來源，並不得有危害土壤、植物或國民健康之情形。
第一項利用或添加之事業廢棄物，其來源出自農業生產、運銷、加工過程或利用農產品為原料所產生，未經化學處理，且可目視辨識為動植物性殘渣，並經本會公告為可直接利用或添加為製肥原料者，免附第一項第二款、第四款規定文件。
第一項第二款所稱事業廢棄物成分檢驗報告，係指事業廢棄物所含重金屬砷、鎘、鉻、銅、汞、鎳、鉛及鋅之全量檢驗報告，檢驗值不得超過申請登記肥料品目規定之限值。
微生物肥料申請肥料登記證時，申請人除檢具第二條及第三條規定文件外，應另檢具下列文件各一份：
一、本會農業試驗所或本會指定機關（構）出具之作物毒害試驗報告。
二、本會農業藥物毒物試驗所或本會指定機關（構）出具之生物毒性及環境生態試驗報告。但微生物經鑑定對環境生態安全無虞之微生物肥料菌種，並經本會公告為已被鑑定為安全之微生物肥料菌種者，免附。