保育企劃組掌理事項如下：
一、陸域生物多樣性保育、永續森林生態政策與施政計畫之擬訂、審議及評估。
二、國土棲地空間之策略規劃及整合；生態系服務之策略規劃、整合及其價值評估。
三、森林資源、森林與自然碳匯調查監測之規劃、推動及督導；航遙測影像於資源調查之發展及應用。
四、森林碳管理策略與公私協力之規劃、擬訂及推動。
五、國有林事業區經營計畫之審議及督導。
六、保育與林業國際合作、國際公約與兩岸事務之規劃、整合及協調。
七、林業歷史之調查、紀錄及應用。
八、自然生態與資源調查資料庫之整合、流通及運用；資通安全與地理圖資倉儲事項之策劃、管理、推動及督導。
九、林業與自然保育相關法規之審議、研修及釋疑；訴願、行政訴訟及國家賠償案件之協辦。
十、其他有關保育企劃事項。