參事掌理事項如下：
一、關於法案命令之撰擬及審核事項。
二、關於計畫方案之撰擬及審核事項。
三、關於法令疑義之解釋及審核事項。
四、關於法令發布、廢止、修正之會核事項。
五、關於各地方衛生自治法規之審查事項。
六、關於立法院審查本署有關法案之列席事項。
七、關於出席各種法規審查研究會議事項。
八、關於業務之研究改進及重要政務之建議事項。
九、署長、副署長交辦事項。