本部之次級機關及其業務如下：
一、觀光署：研擬、規劃觀光政策及執行全國觀光事項。
二、中央氣象署：規劃與執行氣象監測、預報、發展及管理事項。
三、公路局：執行公路新建、養護、監理及運輸管理事項。
四、高速公路局：執行國道新建、拓建、養護工程及交通管理、控制事項。
五、鐵道局：執行鐵道系統新建、改建工程、營運監理及所屬場站開發事項。
六、民用航空局：執行民航事業管理、航空保安、航空站經營管理、監理及航空自由貿易港區管理事項。
七、航港局：執行航運事業、船舶、船員與港政監理、商港自由貿易港區管理及航行安全事項。