中央政府辦理本條例各項計畫所需經費以新臺幣五百四十億元為原則，依
下列原則辦理：
一、由振興經濟擴大公共建設特別預算編列新臺幣二百八十五億元，其中
二百六十五億元撥充水資源作業基金，支應經濟部水利署辦理本條例
各項計畫所需，其餘二十億元支應行政院農業委員會辦理集水區保育
計畫，前述二項均不受振興經濟擴大公共建設特別條例支用方法、年
限規定之限制及水利法第八十九條之一用途規定之限制。
二、由水資源作業基金支應新臺幣一百億元。
三、其餘所需經費由各中央執行機關及臺灣自來水股份有限公司原預算支
應，不敷時由總預算、相關基金或特別預算範圍內，本移緩濟急原則
優先支應，不受預算法第二十三條、第六十二條及第六十三條規定之
限制。
四、本條例施行期限屆滿後，未完成計畫部分所需經費，應循年度總預算
辦理。
前項所編製特別預算不受財政收支劃分法第三十條、第三十七條補助地方
事項及經費負擔規定之限制，亦不受地方制度法第七十六條代行處理程序
及經費負擔規定之限制。
中央執行機關就地方辦理本條例規定事項所需經費，得核實以委託、補（
捐）助或投資之方式辦理之，並得同意地方以代收代付方式執行。