生技醫藥公司有第三條第一項第七款規定之支出，於費用發生當年度之營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日內，向本部提出專案認定申請，經核准者，自有應納營利事業所得稅之年度起抵減之；逾期提出申請者，不予受理。
公司依前項規定提出專案認定申請，其檢附之申請資料有所欠缺而可以補正者，本部應就全案一次通知補正；公司應於本部通知補正函文送達之日起二個月內補正，屆期未補正或補正未完全者，應為駁回之處分。
公司從事研究與發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日內，檢附下列文件，向本部申請就其資格條件及當年度研究與發展支出是否符合第二條及第三條第一項第一款至第六款及第八款規定提供審查意見；逾期提出申請者，不予受理：
一、生技醫藥公司審定函。
二、公司之組織系統圖及研究人員名冊。
三、研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之完整進、領料紀錄。
四、購置或使用專利權、專用技術、著作權之契約或證明文件。
五、研究計畫及紀錄或報告。
六、教育訓練項目明細表、參訓人員名冊及執行情形之相關文件。
七、其他有關證明文件。
本部應於當年度營利事業所得稅結算申報期間截止日後七個月內，將前項審查意見函送公司所在地稅捐稽徵機關供辦理核定投資抵減稅額。但不符第二條規定者，僅函送資格條件審查意見。本部如有特殊事由，得延長審查期間二個月，並敘明事由事先通知公司所在地稅捐稽徵機關。
公司當年度之研究發展支出，依第一項前段規定提出專案認定申請者，應與第三項規定之申請提供審查意見併案提出，本部應依前項規定期限審查。