依本法第三十條第一項第五款規定徵用或徵購土地、建築物之補償，準用土地徵收條例補償規定辦理。
依本法第三十條第一項第五款規定徵用或徵購水權，其補償基準如下：
一、對農業用水之補償：
（一）對行政院農業委員會農田水利署各管理處之補償，以被徵用或徵購灌溉用水渠道與建造物維護管理費、水庫營運調配分攤費、替代水源取得成本及處理輪灌、停灌所增加之管理費用等計算。
（二）對農民之補償，以水利主管機關公告停灌之面積為限，比照農業用水調度使用協調作業要點之給付規定計算。但已納入停灌補償者，不得重複領取。
二、對水力發電用水之補償，以其淨發電量之損失為限。損失之淨發電量補償金額，以其他火力計畫替代發電成本及下游新建電廠應回收影響金額為計算基礎。