巡防科掌理事項如下：
一、海域與海岸巡防勤務、業務、任務演習、專案演訓、配合國軍協同作戰演訓等之規劃、執行及考核。
二、海域巡護、共同執法、聯合護漁與海洋權益維護之督導、執行及考核。
三、海洋污染防治與海洋資源保護勤務之督導、執行及考核。
四、海上災害救護、交通秩序管制與維護、海上船舶碰撞糾紛蒐證、處理之執行及考核。
五、海上災害救護所需水文、海洋資訊、船舶資訊與相關海上航行安全資訊整備、運用之執行及考核。
六、海岸巡防機關器械、彈藥配賦運用之督導、執行、考核與其他巡防裝備之配置、管理、督導及考核。
七、長官視導、特種警衛勤務、人員與駐地安全防護、海域與海岸反恐怖活動之執行及考核。
八、海域與海岸有關安全情資蒐報、犯罪偵防、偵蒐（防）裝備與其他情報相關事項之研整、協調及管理。
九、海巡隊、機動海巡隊、直屬船隊勤務人力部署、艦船艇需求與轄區劃分之規劃、督導、執行及考核。
十、其他有關巡防事項。