一般替代役役男、研發或產業訓儲替代役役男第一階段服役期間申請出境，應由服勤單位或役男敘明事由、出入境時間、地點，檢附出國申請表、證明文件及其中文譯本，於預定出境之日十日前，送經主管機關審核並發給核准文件後，始得辦理出境。
研發或產業訓儲替代役役男第二階段及第三階段服役期間申請出境，應由用人單位至研發及產業訓儲替代役資訊管理系統登錄申請，併同出境申請函（表）、證明文件及其中文譯本，於預定出境之日三個工作日前，於上述系統傳送主管機關審核並發給核准文件後，始得辦理出境。
替代役役男申請出境有緊急或特殊情況經主管機關同意者，不受前二項申請期間之限制；其未能即時取得核准文件者，得由主管機關於其護照內頁核蓋替代役役男出國核准章（格式如附件）辦理出境。
替代役役男核准出境案件，由內政部役政署每日將最新資料以電子傳送方式送內政部移民署，以供辦理役男出境查驗使用。