綜合計劃組掌理事項如下：
一、國家公園、國家自然公園、濕地與海岸地區之管理政策制度之規劃及推動。
二、國家公園、國家自然公園、濕地保育與海岸管理相關法規之研擬、修訂及解釋。
三、國家公園、國家自然公園之選定、劃定、變更與廢止之規劃、審議、推動及督導。
四、國家公園、國家自然公園計畫之擬訂、變更及審議。
五、濕地之評定、變更與廢止之規劃、審議、推動及督導。
六、濕地保育利用計畫之擬訂、變更及審議，濕地影響說明書申請許可之審議。
七、整體海岸管理計畫、海岸保護與海岸防護計畫之擬訂、變更及審議。
八、一級海岸保護區原合法使用不合海岸保護計畫之認定補償許可及廢止事項之審議。
九、近岸海域、公有自然沙灘獨占性使用與特定區位內申請許可、變更及廢止之審議。
十、其他有關綜合計劃事項。