外國銀行在台分行應依本辦法之規定辦理。但外國銀行在台分行之內部控制及稽核制度，如依其總行所訂之相關內部控制及稽核制度規定，有不低於本辦法之規定者，得由外國銀行在台分行提出總行制度之詳細說明與我國制度之對照說明，經在台分行負責人簽署後，報經主管機關備查，依該制度辦理。
外國銀行在台分行之總行對於其內部控制及稽核制度如有任何變更適用於在台分行者，應於變更後即刻提出對照說明，並經在台分行負責人簽署後，報經主管機關備查。
外國銀行在台分行違反主管機關依前二項規定認可之內部控制及稽核制度，視同違反本辦法規定。