保護機構有下列情形之一者，本部得予糾正，並命其限期改善：
一、業務項目、管理或運作方式與設立目的不符。
二、違反第三十一條第一項規定，動支或處分捐助財產。
三、未依第三十一條第二項規定，辦理捐助財產之登記或儲存者，或有同條項之禁止行為。
四、妨礙、規避或拒絕本部依第三十八條第一項規定所為之檢查。
五、經費收支無詳實之記載，或不保存收支原始憑證，致無法查核者。
六、隱匿財產或對於業務、財務為不實之記錄、陳報。
七、以捐助財產孳息及成立後所得，為非法或不正當之支出或開支浮濫。
八、其他違反本法、本辦法及捐助章程之規定。
保護機構經本部依財團法人法第三十條規定廢止其許可或經董事會依捐助章程為解散之擬議並經本部核定者，應依相關法令規定為解散登記並進行清算。
保護機構解散，經依法清算後賸餘之財產，應歸屬本部指定之機關或公益團體。