綜合規劃科掌理研發管考及各稅審查案件之複核等事宜。分設五股，各股
之職掌如下：
一、研究發展股：
（一）本局業務方針、年度及中長程施政計畫之研訂與彙編。
（二）各單位管理目標之編擬。
（三）各單位人力配置方案之研擬。
（四）各稅稽徵程序、稽徵技術及相關業務等工作簡化及研究發展之推行
與彙辦。
（五）參與暨建議制度之推動。
（六）本局網際網路資訊服務站之規劃。
（七）各項稽徵作業之協調及聯繫。
（八）重要會議之籌辦及記錄。
（九）各項稅源及稅收統計之分析與研究。
（十）開拓稅源防止逃漏研議工作之聯繫及彙辦。
（十一）本局出版品及圖書資料庫之管理。
二、管制考核股：
（一）財政部及本局稽徵業務考核相關作業。
（二）稅務獎勵金核發相關事項。
（三）重要業務及交辦案件之管制。
（四）財政年報及工作報告之編擬。
（五）業務作業手冊及查核技術手冊之增、修訂與維護。
（六）審計部通知處理事項之列管及彙辦。
（七）公文檢核相關作業。
（八）公文處理作業手冊及定型函稿之增修訂與維護。
（九）行事曆之編修訂及管制作業。
（十）公務分層負責明細表之增、修訂及維護。
（十一）各項業務資料冊籍保管年限表增、修訂。
（十二）公文之收發及管制。
（十三）其他管考及行政事項之處理。
三、稽核第一至第三股：
（一）營利事業所得稅結、清決算等申報案件審查報告之複核。
（二）綜合所得稅執行業務所得（含其他所得）案件審查報告之複核。
（三）遺產稅、贈與稅申報案件審查報告之複核。
（四）營業稅各類別案件審查報告之複核。
（五）遺產稅、贈與稅櫃台化案件之抽核。
（六）外僑綜合所得稅案件之抽核。
（七）貨物稅、菸酒稅案件之抽核。
（八）特種貨物及勞務稅案件之抽核。
（九）營業稅各類別清冊、選查案件之抽核。
（十）審計部抽查案件之複核。
（十一）上級交辦應行複核案件之查核。
（十二）其他（含各稅目管制流程）專案稽核業務。
（十三）選查案件之派查、稽催、管制及工作底稿、帳簿憑證之檢收及發
還。
（十四）遺產稅、贈與稅免稅證明書及逾核課期間同意移轉證明書、不計
入遺產、贈與總額證明書（免稅）之核發。
（十五）其他交辦事項。