補繳基金費用之申請程序，除銓敘部另有規定外，應由參加基金人員備齊證明文件及本人簽名或蓋章之申請書，先由服務機關人事主管人員切實審查。如申請書表及所附證件不足者，應通知申請人補正後，函送基金管理會辦理。基金管理會受理後，如申請書表及證件仍不足者，服務機關應於基金管理會通知二個月期限內補正。
補繳基金費用之應附證件如下：
一、初（轉）任派令及敘薪證明文件。
二、申請補繳基金費用期間未曾領取退離給與之服務（役）證明文件。
三、申請補繳基金費用期間之敘薪明細證明文件。
四、其他相關證明文件。
未依第一項規定補正者，基金管理會應於補正期限屆滿後退件。但申請人仍得依第三條所定五年申請期限內重新提出申請。