檢疫組職掌如左：
一、關於進出口物品檢疫業務規劃事項。
二、關於進出口船舶、航空器及其工作人員、旅客等檢疫業務規劃事項。
三、關於國際預防接種業務規劃、委託、辦理及證書簽發等事項。
四、關於船舶、航空器工作人員及旅客醫療急救業務之規劃事項。
五、關於各檢疫分所檢疫業務之規劃、推展、督導及管理事項。
六、關於檢疫人員訓練事項。
七、關於檢疫藥品、器材之籌劃事項。
八、關於檢疫業務資料之建立、編報、統計事項。
九、關於檢疫業務之研究發展事項。
十、關於上級交辦事項。