本分署設下列科、室及隊：
一、綜合研整科。
二、犯罪偵查科。
三、科技鑑識科。
四、資訊紀錄科。
五、特勤科。
六、督察科。
七、秘書室。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室。
十一、偵防查緝隊。
十二、特勤隊。
十三、空中作業隊。
十四、宜蘭查緝隊、基隆查緝隊、臺北查緝隊、桃園查緝隊、新竹查緝隊、連江查緝隊、苗栗查緝隊、臺中查緝隊、彰化查緝隊、雲林查緝隊、嘉義查緝隊、金門查緝隊、臺南查緝隊、北門查緝隊、高雄查緝隊、鳳山查緝隊、屏東查緝隊、澎湖查緝隊、花蓮查緝隊、臺東查緝隊。
前項各隊得於合計四十九組、十六分隊及三十五小隊內調整辦事。