查核小組每年應辦理工程施工查核之件數比率以不低於當年度所屬新臺幣一百五十萬元以上工程標案（不含補助及委託其他機關辦理案件）之百分之十為原則，且各規模之工程應查核件數如下：
一、新臺幣五千萬元以上之標案：以二十件以上為原則；當年度執行工程標案未達二十件者，則全數查核。
二、新臺幣一千萬元以上未達五千萬元之標案：以十五件以上為原則；當年度執行工程標案未達十五件者，則全數查核。
三、新臺幣一百五十萬元以上未達一千萬元之標案：以十件以上為原則；當年度執行工程標案未達十件者，則全數查核。
前項各款之查核件數，必要時得經查核小組之機關首長核准予以調整，並報主管機關備查。
查核小組就下列工程標案應視施工進度優先納入查核：
一、民眾或廠商檢舉、媒體報導或有資料顯示疑有違失或異常之工程標案。
二、決標標價偏低、履約進度明顯落後或多次、大幅變更契約之工程標案。
三、有資料顯示品質欠佳之工程標案。
四、其他經主管機關或設立機關指定者。
機關得視需要，提出工程施工查核需求，供該管查核小組作業參考。
第一項所定金額，為採購標案之預算金額。複數決標項目之標的不同者，依個別項目之預算金額認定之。