政府機關（構）應於本條例施行日起六個月內完成政治檔案之清查，並編製目錄依規定程序報送檔案局。必要時得予延長，延長期間不得逾六個月。
檔案局審定政府機關（構）管有之政治檔案，應以檢視檔案目錄或檔案內容方式為之。必要時，得邀請學者專家參與。
政府機關（構）管有檔案經檔案局審定屬政治檔案者，應於指定期限內移轉為國家檔案；未移轉前，應依本條例之規定妥善保管並提供應用。
前項政治檔案，有國家機密保護法第十二條核定之國家機密者，於解密前，原件暫不移轉。但應就涉及國家安全情報來源或管道之國家機密部分經分離處理後，以複製品併入原案卷移轉，並於檔案目錄註記說明及提供應用。
政府機關（構）於第一項期間屆至後，仍應依本條例持續辦理政治檔案清查及報送，檔案局認有必要時，得辦理專案徵集。
前項清查有中華民國八十一年十一月六日後產生之檔案或各類紀錄及文件，其內容與第三條第一款所定事件或體制相關者，應併同報送，檔案局得併審定為政治檔案。政黨、附隨組織及黨營機構持有政治檔案之通報、主管機關之調查及審定，亦同。