智慧財產及商業法院應於每年度終了前，由院長、庭長、法官舉行年終會議，分別決定次年度智慧財產法庭法官及商業法庭法官司法事務之分配、分案符號、代理次序及合議審判時法官之配置。
智慧財產及商業法院智慧財產法庭、商業法庭之法官及試署法官分別依其改任或遴選之類別，辦理智慧財產案件或商業事件之審判相關事務。
院長認有必要時，得於年終會議前召集庭長、法官若干人，組成作業小組，預擬第一項事務分配及代理次序草案。
年終會議後，因案件或法官增減或他項事故，有變更之必要時，得由院長徵詢有關庭長、法官意見後定之。但遇有法官分發調動，而有大幅變更法官司法事務分配之必要時，應以法官會議議決之。