本法第二十一條規定會計年度結束時各機關未支用之分配預算餘額與自行保管支出各款未支付之餘額及實施國庫集中支付有關其他款項於會計年度結束時之處理，應依左列規定辦理：
一、各機關核定歲出分配預算未支用之餘額，除經行政院核准保留，以歲出應付款轉入下年度支付者外，各該管地區支付機構應即停止支付。
二、依本法第六條規定自行保管依法支用款項之餘額，除奉行政院核准保留依規定轉入下年度支付之歲出應付款外，應即填具支出收回書併同剩餘之現金，於當年度內繳解各當地國庫，歸入國庫存款戶；其在新會計年度開始後繳還國庫者，應填具繳款書報繳之。
三、各機關依第十五條第二款所定歸入國庫存款戶集中管理之特種基金與其他公款及保管款未支用之餘額，應由各該管地區支付機構轉入下年度繼續支付。
四、各機關依預算法規定之繼續經費及視為繼續經費未經使用之經費餘額，應轉入下年度繼續支用。