本辦法中華民國八十六年二月十二日修正發布之第九條、第十條、第二十條第一款及第二十三條之一，自課徵八十六年度綜合所得稅起適用之。

本辦法中華民國九十六年二月五日修正發布之第十九條第二款、第十九條之一、第二十條第四款第一目、第二十條之一、第二十二條第四款、第二十三條第二款、第二十五條第一款及第二十五條之一，自九十五年度綜合所得稅結算申報案件適用之。

本辦法中華民國一百零四年三月二十六日修正發布之第二條、第八條之一、第十一條、第十三條、第十八條、第十九條、第二十條、第二十三條、第二十三條之一、第二十四條、第三十條及第三十一條之一，自一百零二年度綜合所得稅結算申報案件適用之；第二十條之一自一百零四年度綜合所得稅結算申報案件適用之。

本辦法中華民國一百十三年六月二十五日修正發布之第二十條之一第一款，自一百十二年度綜合所得稅結算申報案件適用之。