保稅貨物得依下列方式辦理重整：
一、檢驗、測試：存倉貨物予以檢驗、測試。
二、整理：存倉貨物之整修或加貼標籤。
三、分類：存倉貨物依其性質、形狀、大小顏色等特徵予以區分等級或類別。
四、分割：將存倉貨物切割。
五、裝配：利用人力或工具將貨物組合。
六、重裝：將存倉貨物之原來包裝重行改裝或另加包裝。
前項貨物之重整應受下列限制：
一、不得改變原來之性質或形狀。但雖改變形狀，卻仍可辨認其原形者，不在此限。
二、在重整過程中不發生損耗或損耗甚微。
三、不得使用複雜大型機器設備。
四、重整後不合格之貨物，如屬國內採購者，不得報廢除帳，應辦理退貨，如屬國外採購者，除依規定退貨調換者外，如檢具發貨人同意就地報廢文件，准予報廢除帳。
五、重整後之產地標示，應依其他法令有關產地之規定辦理。
貨物所有人或倉單持有人於保稅倉庫內重整貨物前，應向海關報明貨物之名稱、數量、進倉日期、報單號碼、重整範圍及工作人員名單，經海關發給准單後，由海關派員駐庫監視辦理重整。但經海關核准自主管理之保稅倉庫及設於科技產業園區之保稅倉庫，得免派員監視。重整貨物人員進出保稅倉庫，海關認有必要時，得依海關緝私條例第十一條規定辦理。