自由港區事業經自由港區管理機關核准結束營業、廢止或撤銷其營運許可時，其有關機器、設備及餘存之貨物，經盤點結算如有短少，應補徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。
申請經營自由港區事業取得籌設許可者，經自由港區管理機關廢止或撤銷其籌設許可時，其於籌設期間減免之關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費，應予補徵。但自廢止或撤銷其籌設許可之翌日起算六個月內，將國外運入之自用機器、設備原貨復運出口者，不在此限。
前項自用機器、設備於辦理相關稅費補徵或復運出口前，由自由港區管理機關監管。