本法所定中央主管機關之主管事項如下：
一、全國性水污染防治政策、方案與計畫之訂定及督導。
二、全國性水污染防治法規之訂定、審核及釋示。
三、本法第十一條第一項水污染防治費之徵收、審核、使用規劃及管理。
四、全國性水污染防治之研究發展。
五、全國性水污染防治人員之訓練及管理。
六、直轄市、縣（市）水污染防治業務之督導。
七、全國性水污染防治之監測及檢驗。
八、全國性水污染防治之調查及統計資料之製作。
九、全國性水污染防治之宣導。
十、水污染防治之國際合作及科技交流。
十一、全國性或直轄市、縣（市）間水污染防治之協調。
十二、水污染物及水質水量之檢驗測定機構許可及管理。
十三、其他有關全國性水污染防治事項。