本條例之中央主管機關為經濟部，中央主管機關應會同各中央目的事業主管機關依流域整體規劃及綜合治水原則、政策及優先秩序，擬訂流域綜合治理計畫。

前項流域綜合治理計畫，計畫範圍內之河川及區域排水、農田排水、水產養殖排水、雨水下水道、上游坡地水土保持、治山防洪及省道配合河川、區域排水治理須辦理之橋樑改建工程，由中央目的事業主管機關於本計畫編列預算並執行，不受地方制度法第十八條、第十九條及第七十六條代行程序及經費負擔之限制。

中央目的事業主管機關為辦理本條例各項工作，必要時得委辦、委託或補助直轄市、縣（市）政府或農田水利會執行。