本基金之來源如下：
一、由政府循預算程序之撥款。
二、本部興辦水利事業、水庫蓄水範圍、海堤區域、河川區域或排水設施範圍之使用費收入。
三、本部辦理水庫、河川或排水設施之清淤疏濬，所得砂石之出售收入。
四、自來水法第十二條之二規定之水源保育及回饋費收入。
五、自來水法第十二條之四規定應繳還本基金之水源保育及回饋費收入。
六、耗水費收入。
七、本基金之孳息收入。
八、溫泉事業發展基金收入。
九、其他有關收入。
前項第八款所定溫泉事業發展基金之來源，為依溫泉法第十一條第三項規定，由直轄市、縣（市）主管機關提撥徵收溫泉取用費十分之一之收入。