本局設左例各課、室、隊、艦及支局：
一、進口課。
二、出口課。
三、驗貨課。
四、稽查課。
五、緝案處理課。
六、保稅課。
七、海務課。
八、總務室。
九、法務室。
十、人事室。
十一、會計室。
十二、政風室。
十三、機動巡查隊。
十四、欽星巡緝艦。
十五、潯星巡緝艦。
十六、加工出口區支局。
前項各課、室及支局行得設股，隊得設分隊辦事。