本局設左列各組、室、隊、分局、支局及艇：
一、進口組。
二、出口組。
三、稽查組。
四、倉棧組。
五、緝案處理組。
六、總務室。
七、法務室。
八、資訊室。
九、人事室。
十、會計室。
十一、政風室。
十二、機動巡查隊。
十三、五堵分局。
十四、六堵分局。
十五、桃園分局。
十六、花蓮分局。
十七、暖暖支局。
十八、蘇澳支局。
十九、巡緝艇 (隸屬稽查組、花蓮分局及蘇澳支局) 。
前項各組、分局之下得設課，各室、支局及課得設股，隊得設分隊辦事。