依本條例第十八條第三項規定，港區貨棧應辦理貨物控管事項如下：
一、卸存港區貨棧之國外貨物，港區貨棧核對進口艙單，點收貨物並確定儲位後，向海關傳輸進倉資料訊息。
二、課稅區、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心貨物運入港區，港區貨棧點收貨物並確定儲位後，傳輸出口貨物進倉證明訊息，並接收海關放行通知訊息，俾自由港區事業提領貨物。
三、科技產業園區、科學園區、農業科技園區、其他自由港區貨物運入自由港區貨棧，港區貨棧憑海關放行通知訊息點收貨物，並供自由港區事業提領貨物。
四、自由港區事業出口貨物進儲港區貨棧後，港區貨棧傳輸出口貨物進倉證明訊息至海關，並接收海關放行通知訊息，憑以進行後續裝併櫃（盤）及裝船（機）作業；需運出區出口者，另簽發運送單加封出區。
五、自由港區事業運往其他自由港區貨物，港區貨棧於點收貨物進儲後，傳輸進倉資料訊息至海關，並接收海關放行通知訊息，憑以簽發運送單出區；其有加封必要者依海關規定辦理。
六、自由港區事業運往課稅區、保稅區貨物，港區貨棧於點收貨物進儲後，傳輸進倉資料訊息至海關，並接收海關放行通知訊息，憑以簽發運送單出區；其有加封必要者依海關規定辦理。
七、自由港區事業經核准按月彙報之貨物，得不進儲港區貨棧。