中華民國船舶得依法令規定航行至香港或澳門。但有危害台灣地區之安全、公共秩序或利益之虞者，交通部或有關機關得予以必要之限制或禁止。
香港或澳門船舶得依法令規定航行至台灣地區。但有下列情形之一者，交通部或有關機關得予以必要之限制或禁止：
一、有危害台灣地區之安全、公共秩序或利益之虞。
二、香港或澳門對中華民國船舶採取不利措施。
三、經查明船舶為非經中華民國政府准許航行於台港或台澳之大陸地區航運公司所有。
香港或澳門船舶入出臺灣地區港口及在港口停泊期間應予規範之相關事宜，得由交通部或有關機關另定之，不受商港法第二十五條規定之限制。