船長負責全船之安全及管理事宜，其職掌如下：
一、出港前應確認船舶自動識別系統船載臺、船位回報系統、救生設備及漁航儀器設備等可正常使用且適航，並將應急指位無線電示標放置於指定位置後，始可出港。
二、出港前應清點船上膳食、飲用水及藥品是否足量；如有不足，應通報漁業人補充。
三、查核船員應攜帶有效之漁船船員手冊、外國籍船員證或幹部船員執業證書，並確認船員之體格檢查是否合格。
四、監督指揮全體船員綜理航行及漁撈作業，如漁船合組作業時，其從船船長應受主船船長之指揮。
五、漁場之選擇、作業位置之選定及漁撈技術之指導。
六、應熟知本船之構造與性能，並隨時注意安全檢查、保養及維修；卸任時，應將本船特性及有關紀錄告知並移交繼任之船長。
七、應要求船員於甲板上從事漁撈作業時穿著救生衣。
八、海上接獲他船之呼救，應立即施以救援。但本船亦在危險狀態時，不在此限。
九、漁船於海上發生遇險、事故或船員發生傷病、落海、失蹤、死亡時，應立即通報漁業通訊電臺。
十、船員於海上發生重大傷病時，應儘速將漁船駛往就近港口就醫，或協調友船將該船員就近送醫。
十一、指派船員維護住艙、廚房、餐廳、廁所、浴室之清潔及使用。
十二、負責保管本船各項法定證明文件及船員名冊。屬第七條第二項之漁船，應另保管勞動契約影本，並提供船員查閱。
十三、隨時記載，並查閱航海及作業日誌。
十四、對實習人員之指導及考核。
十五、海上遇有下列情事，應將事實始末、時間地點詳實記載於航海日誌，檢送最初到達港之航政及漁業主管機關：
（一）本船遭遇海難及危險事項。
（二）發現他船碰撞或遇難。
（三）救護遇難船隻或人命。
（四）對於船員過失處分。
（五）船上所載人員失蹤、死亡、傷害、染患傳染病。
（六）其他重要事項。
十六、依船員法第六十六條之規定作成海事報告。
十七、應提供觀察員及檢查員執行任務必要及充分之協助。
十八、其他依法令應辦理事項。
前項第一款所定事項，在置有船副之漁船，由船副辦理之。