快遞業者對於不符合快遞貨物條件之貨物，違反第六條第二項規定，在快遞貨物專區或航空貨物轉運中心辦理通關者，由海關依關稅法第八十七條規定，處快遞業者警告或新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下快遞貨物通關之業務或廢止其登記。