海關管理保稅工廠進口保稅原料，有短裝、溢裝情事，依下列方式處理：
一、進口保稅原料於進口地海關驗放提領進廠後，廠方自行發現溢裝情事，經向監管海關申請更正者，不論是否業經進口地海關查驗，准予核實登帳，免按海關緝私條例論處。
二、進口保稅原料於進口地海關驗放提領進廠後，廠方自行發現短裝情事，如其實到數量短少未逾所申報數量百分之五，且其短少原料之貨價在美金一千元以下者，廠方應於提領出倉之翌日起一個月內，以書面向監管海關報備，並自行依實到數量調整登帳。
三、進口保稅原料如其實到數量短少逾前款規定標準者，廠方應於提領出倉之翌日起一個月內檢具有關文件如公證報告、發貨人證明函電等以書面向監管海關申請核辦。其經查明屬實者，得辦理免稅補運短裝部分之原料，或依實到數量調整登帳。
加工出口區、科學工業園區、農業科技園區、自由貿易港區之區內事業、保稅倉庫及物流中心進口保稅物品，有短裝、溢裝情事者，準用前項規定辦理。