事業或污水下水道系統有下列情形之一者，地方主管機關得廢止其土壤處理許可證：
一、事業停工（業）一年以上。但有正當理由無法復工、復業，報經目的事業主管機關核准者，不在此限。
二、事業遷移或主要生產、服務設施已搬遷，經目的事業主管機關認定無繼續生產、製造、加工或服務之事實。
三、事業改變生產製程，致無廢水產生。
四、經核准之其他水措或排放許可證（文件），經地方主管機關撤銷或廢止後，於三個月內未取得相關許可證（文件）。
五、經農業主管機關認定不宜繼續採行土壤處理。
六、每公頃土地每年排放廢（污）水中所含總氮量達四百公斤。
七、土壤監測結果達土壤污染監測基準之限值，或銅、鋅之監測值達土壤監測基準限值百分之七十。
八、地下水監測結果達地下水污染監測基準之限值。但地下水氨氮背景值高於地下水污染監測基準之限值，且地下水之氨氮監測值低於背景值者，不在此限。
九、土壤飽和萃取液導電度於攝氏二十五度時，達每公分四毫姆歐。
十、土壤處理之土地適用區段經公告為土壤或地下水污染管制區。
依前項第五款至第十款規定廢止土壤處理許可證者，該土地區段一年內不得申請作為土壤處理。