為加強內部控制藉以防止弊端之發生，信用部應建立自行查核制度。
信用業務相關單位應每半年至少辦理一次一般自行查核，每月至少辦理一次專案自行查核，並由該單位主管指定非原經辦人員辦理並事先保密。但已辦理一般自行查核或稽核人員已辦理一般查核之月份，該月得免辦理專案自行查核。
自行查核報告書經單位主管核章後，送交稽核人員陳報總幹事；如有違反法令規章之缺失事項，應提報理事會討論具體改善辦法，作成決議，立即執行，並由監事會監察。
農會、漁會應對辦理自行查核人員施以適當之查核訓練，並由稽核人員督導各單位切實執行自行查核工作。