依本條例第二十條規定，自由港區事業年度盤點應辦理事項如下：
一、於盤點日前二週通知海關並經海關確認。
二、辦理年度盤點時，經海關核准運出區外之加工、修理、檢驗、測試及展覽貨物應全部運回列盤及銷案，其因故無法運回者，應向海關申請核准於同日辦理區外年度盤點。
三、年度盤點日期距上年度盤點日期，最少不得少於十個月，最長不得超過十四個月；其有特殊情形，事先報經海關核准者，得酌予提前或延後。
四、自由港區事業經核准按月彙報貨物，應於盤點日前彙總填具報單辦理通關事宜。
五、自由港區事業於盤點結束後，應分別造具區內與區外之供營運貨物及區內自用機器、設備之盤存清冊及結算報告表一式二份，於盤點結束之翌日起一個月內送海關備查；必要時得於期限屆滿前，向海關申請展延一個月。
六、同一料號之原料，如以免稅及已稅方式進儲者，年度結算時應一併列入盤點，並按實際使用數量沖銷免稅及已稅貨物帳；未能查明其實際使用數量者，應優先沖銷免稅原料數量；已稅原料產生盤虧者，免予補稅。
七、依第五款規定辦理備查時，若產生盤虧，應向海關辦理補稅，並於接獲海關核發之補稅通知之翌日起十日內繕具報單為之；產生盤盈，應提出說明並於帳冊補登數量。