高雄機場分局掌理入出境旅客及進出口貨物通關事宜。分設四課、十五股
，各課、股之職掌如左：
一、業務課掌理空運進出口貨物通關事項。分設五股辦事：
(一) 業務一股：
1 C1 報單之審核、 C2、C3 及未連線進口報單之收單、建檔、分
類估價 (稅則第一章至第八十三章) 、查核簽審規定、銷證、放
行、代徵貨物稅、營業稅及推廣貿易服務費。
2 國貨復運進口案件之處理。
(二) 業務二股：
1 C1 報單之審核、 C2、C3 及未連線進口報單之收單、建檔、分
類估價 (稅則第八十四章至第九十七章) 、查核簽審規定、銷證
、放行、代徵貨物稅、營業稅及推廣貿易服務費。
2 國貨復運進口案件之處理。
3 貨樣管理。
(三) 業務三股：
1 機放報單之處理。
2 空運進口貨物之登稅處理。
3 押金收退處理。
4 先放後稅案件處理。
5 各種稅收、保管款日、月報表之製作。
6 貨物稅證照之核發及月報表之製作。
7 逾期不報關、不繳稅及放棄貨物之處理。
(四) 業務四股：
1 連線及未連線出口報單之收單、建檔、分類估價、銷證、放行及
銷艙。
2 出口貨物註銷、退關、錯單之處理。
3 推廣貿易服務費繳納證之補發，具結收單、退費。
4 出口報單之審核、編號、裝袋。
5 空運復出口商港建設費之徵收。
6 出口貨物違章及行政救濟案件之處理。
7 仿冒商標及偽標產地案件之處理。
8 國貨復運進口案件有關原出口報單之核銷。
(五) 業務五股：
1 進口報單之審核。
2 進出口報單副本及證明書之核發。
3 進出口報單理單及調單作業。
4 退押金案件處理。
5 國庫支票、退還押金憑證及國庫對帳案卷之管理。
6 一般行政管理事項。
二、驗貨課掌理空運進出口貨物查驗事項。分設二股，各股之職掌如左：
(一) 空運進出口貨物之查驗。
(二) 空運進口逾期貨物及退關、註銷報關貨物之查驗。
(三) 轉運出口貨物之查驗。
(四) 報備案件之受理。
三、檢查課掌理入出境旅客行李檢查事項。分設五股辦事：
(一) 檢查一至四股：
1 入出境及過境旅客行李檢查。
2 緝私案件之處理及其他交辦事項。
(二) 檢查五股：
旅客托運行李 (包括入境及過境) 之ｘ光檢查。
四、稽查課掌理旅客應稅或留辦物品之處理、理機、押運、文書總務及連
鎖貨棧管理等事項。
五、分設三股辦事：
(一) 稽查一股：
1 應稅或留辦物品之處理。
2 過境行李倉庫 (關棧) 之監管。
3 緝私案件之分估及旅客申報單之保管。
4 旅客統計報表之編製。
(二) 稽查二股：
1 理機。
2 報單派押。
3 空櫃進出管制區之檢查。
4 進口貨物艙單之處理。
5 轉運申請書之處理及轉運准單之核發。
6 一般行政管理及總務事項。
(三) 稽查三股：
1 聯鎖倉庫之管理。
2 保稅貨物倉庫之管理。
3 免稅商店之管理。