中央目的事業主管機關就前條第二項所定變更適用案件，應依下列規定辦理，供公司所在地稅捐稽徵機關辦理核定投資抵減稅額：
一、對公司依第十三條第二項所提申請文件，審查其研究發展活動及相關支出項目是否符合公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法規定。
二、對公司依第十四條第一項所提申請文件，審查其投資計畫及購置機器或設備之支出項目是否符合公司或有限合夥事業投資智慧機械與第五代行動通訊系統及資通安全產品或服務抵減辦法規定，並將審查結果函復公司，副知公司所在地稅捐稽徵機關，不受該辦法第十條及第十二條以申辦系統辦理規定限制。
中央目的事業主管機關對前條第二項第二款及第三款所定變更適用案件，應於稅捐稽徵機關通知之次日起三個月內，依前項規定辦理。