花蓮分局掌理轄區進出口貨物之通關、查緝等事宜。分設三課、巡緝艇，
各課及巡緝艇之職掌如左：
一、總務課：
(一) 退押案件之處理。
(二) 進出口貨棧、報關行、運輸業之設立登記及管理。
(三) 一般行政管理事項。
二、業務課：
(一) 進出口通關業務。
(二) 進出口報單及檔案之管理。
三、稽查課：
(一) 進出口船舶通關之管理。
(二) 轄區巡緝業務之執行。
(三) 進出口貨棧之監管。
(四) 進出口貨物之查驗。
(五) 出、入境旅客及船員行李之檢查。
(六) 巡緝艇及關艇之指揮管理。
四、巡緝艇：
(一) 勤務規劃。
(二) 船體艙面設備及航海儀器之保養與維護。
(三) 通商口岸 (包括港區、錨地及其臨近水域) 巡緝及港區工作船臨檢
等事項。
(四) 輪機設備之保養與維護。