本署掌理下列事項：
一、動植物防疫、檢疫、動物用藥品與農藥管理之政策與法規之規劃、研擬、執行及監督。
二、獸醫師登記管理與獸醫公共衛生政策與法規之規劃、研擬、執行及監督。
三、屠宰場登記管理、畜禽屠宰衛生檢查與動物用藥品殘留監控政策與法規之規劃、研擬、執行及監督。
四、動植物防疫、檢疫、動物用藥品與農藥、屠宰衛生與獸醫醫療科技、技術、程序、方法之研究、訂定、執行及監督。
五、動植物防疫、檢疫、動物用藥品與農藥、屠宰衛生、獸醫醫療之檢查、檢驗標準與人員管理訓練之規劃、訂定、執行及監督。
六、國內、外動植物防疫、檢疫、動物用藥品與農藥、屠宰衛生與獸醫醫療之資訊蒐集、疫情監控、風險分析、疫情通報、諮商、糾紛處理及諮詢服務。
七、輸出入動植物檢疫物檢疫證明文件、畜禽屠宰衛生檢查證明文件之簽發、查核、管理及監督。
八、輸出入動植物檢疫物之疫病、有害生物之檢查與處理之規劃、訂定、執行及監督。
九、其他有關動植物防疫、檢疫及畜禽屠宰管理事項。