本署掌理下列事項：
一、漁業政策與法規之規劃、研擬、推動及監督。
二、漁業資源養護管理措施之規劃、執行與監督，漁業調查評估及科學研究。
三、漁船與船員管理政策之規劃、協調、推動及監督。
四、國際漁業事務與漁業涉外事務之規劃、協調及推動。
五、養殖漁業管理與發展之規劃、協調、推動及監督。
六、漁民（業）團體輔導政策與法規之規劃、研擬、管理及督導。
七、水產品行銷與加工、水產品安全之規劃、協調、推動及監督。
八、漁港與其他漁業設施之規劃、推動及監督。
九、所屬漁業廣播與漁業通訊機構之督導、協調及推動。
十、其他有關漁業事項。