行政院衛生署疾病管制局 (以下簡稱本局) 掌理下列事項：
一、防疫制度之規劃及法規之研擬事項。
二、各種疫病之預防、控制、調查及研究事項。
三、疫病爆發之應變處理事項。
四、國內疫病之通報及疫情監視事項。
五、國際疫情之蒐集、交換及報告事項。
六、防疫藥物之採購及管理事項。
七、預防接種之規劃、推動及受害救濟事項。
八、疫苗及生物製劑之製造、供應、研發及技術轉移事項。
九、各種疫病之檢驗事項。
十、疫病檢驗標準之訂定及檢驗認證事項。
十一、國際港埠之檢疫及衛生管理事項。
十二、營業衛生之規劃、推動及督導事項。
十三、外籍勞工之衛生管理事項。
十四、結核病之防治、社區巡迴檢查及個案追蹤管理事項。
十五、地方衛生機關執行本局主管事務之指揮及督導事項。
十六、疫病管制事務之國際合作及交流事項。
十七、疫病管制專業人員之培訓事項。
十八、其他有關防疫、預防醫學之研究與發展、檢疫及經行政院衛生署 (
以下簡稱本署) 指定之疾病管制事項。